Cột mốc biên giới Việt Nam - Trung Quốc số 53 thời Pháp - Thanh, với hàng chữ Trung Quốc: 中國廣西界 (Trung Quốc - Quảng Tây giới) và hàng chữ Pháp: Frontière sino-annamite (Biên giới Trung Quốc - An Nam).

Từ đầu năm 1990, Trung Quốc và Việt Nam bắt đầu tiến hành đàm phán để giải quyết vấn đề biên giới. Hai bên đạt được các thỏa thận trên nguyên tắc năm 1993 để giải quyết các bất đồng, nhưng do sự thù địch giữa hai phía do cuộc chiến tranh 1979 để lại, cộng với cả một thập kỷ xung đột biên giới, khiến cho mãi tới năm 1999 hai bên mới đạt được những thỏa thuận cuối cùng. Trong số những trở ngại cho việc ký kết hiệp định cũng phải kể đến vấn đề tháo dỡ mìn trên biên giới, và sự chống đối từ nội bộ của cả hai phía về việc nhượng bộ cho đối thủ cũ của mình[24].

Việc hai nước ký kết bản Hiệp định góp phần đóng lại một chương quan trọng trong lịch sử quan hệ Việt Nam - Trung Quốc, đánh dấu bởi sự thù nghịch và các cuộc xung đột vũ trang đẫm máu. Tuy nhiên, bản Hiệp định này không đồng nghĩa với việc kết thúc các khó khăn trong việc xác định chính xác đường biên được hoạch định trên giấy tờ, cũng như căng thẳng tại một số vị trí cột mốc biên giới, và vấn đề buôn lậu qua biên giới.[7]

Bản hiệp định này, cộng với Hiệp định Phân định Vịnh Bắc Bộ làm dấy lên những lời đồn đại tại Việt Nam, rằng theo như bản hiệp định này, đường biên giới mới khiến Trung Quốc giành được quyền sở hữu một số vùng lãnh thổ mà trước đó Việt Nam tuyên bố chủ quyền.[7] Sự giận dữ này không phải là không có lý, nhưng phải thừa nhận là Trung Quốc đã không áp đặt được tham vọng bành trướng của mình lên Việt Nam qua bản hiệp định.[7] Theo như Carlson, bản Hiệp định là kết quả thỏa hiệp đến từ cả hai phía.[7] Vấn đề lãnh thổ trên Biển Đông mới thực sự là vấn đề mà cả hai phía có sự bất đồng sâu sắc khó giải quyết. Trung Quốc qua việc giải quyết vấn đề tranh chấp lãnh thổ biên giới trên bộ thể hiện lập trường linh hoạt, giảm bớt vẻ hung hăng trong đàm phán với Việt Nam.[25]

Có những lời đồn rằng Việt Nam đã mất một số lãnh thổ trong cuộc chiến này. Sau khi hiệp định được lý, một số vấn đề vẫn gây tranh cãi vì chưa có thông tin chính thức và đầy đủ[26][27] Theo Lê Chí Quang, một nhà hoạt động phản đối chính phủ Việt Nam thì Việt Nam đã nhượng cho Trung Quốc 720 km2, một bộ phận người Việt ở hải ngoại cũng cho rằng chính phủ Việt Nam đã nhường đất cho Trung Quốc và cần đòi lại bằng vũ lực hoặc bằng công pháp quốc tế. Theo một nguồn thì khi tiến hành đặt cột mốc nằm ở điểm cực đông biên giới, người ta phát hiện ra rằng một số làng Việt Nam nay nằm ở phía bên kia biên giới Trung Quốc.[28] Điều này dẫn đến sự chống đối rộng khắp từ cộng đồng Việt Nam hải ngoại, và việc những nhà bất đồng chính kiến tích cực nhất trong nước bị bắt giữ.[28] Cũng theo nguồn này thì Tổng bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam khi bản Hiệp định được ký là Lê Khả Phiêu đã phải chịu chỉ trích nặng nề vì đã "tỏ ra quá mềm mỏng với Trung Quốc" trong kỳ Đại hội Đảng tháng 4 năm 2001, nên bị thay thế bởi Nông Đức Mạnh trong kỳ bầu cử đó. Theo Carlyle Thayer, Lê Khả Phiêu bị một số người cáo buộc theo đuổi chính sách "thân Trung Quốc", thậm chí "ra chỉ thị nhượng bộ" trong quá trình đàm phán biên giới trên Vịnh Bắc Bộ, dẫn đến Việt Nam có thể bị thiệt đến 3.200 hải lý vuông (khoảng 11.000 km2) lãnh hải[28]

Tuy nhiên, thứ trưởng Bộ ngoại giao Việt Nam Lê Công Phụng, Trưởng đoàn đàm phán cấp Chính phủ về biên giới, lãnh thổ Việt Nam - Trung Quốc[6] thì những tin đồn kiểu này là không có căn cứ. Ông cho biết: tại thác Bản Giốc, Việt Nam chỉ có 1/3 thác, nhưng nhờ thương thuyết cho nên Trung Quốc nhượng bộ, thành ra Việt Nam được 1/2 thác. Lê Công Phụng cũng cho rằng các tin chung quanh vấn đề "nhượng đất, nhượng biển" chỉ là các tin đồn vô căn cứ.

Riêng vấn đề thác Bản Giốc, trả lời câu hỏi cho rằng Việt Nam đã nhượng 1/2 thác, ông Phụng trả lời rằng đó cũng chỉ là tin đồn không có căn cứ. Những những tư liệu mà tin đồn đó nêu ra không phải là bộ phận của Công ước Pháp-Thanh 1887 và Công ước Pháp-Thanh 1895, đây là 2 văn bản pháp lý duy nhất về biên giới Việt - Trung được quốc tế công nhận, và được Việt Nam và Trung Quốc đã lấy làm căn cứ pháp lý để đàm phán xác lập đường biên giới mới[29].

Chính phủ Việt Nam luôn nhắc tới tình hữu nghị truyền thống giữa hai nước và hai Đảng anh em mà giải quyết vấn đề biên giới và lãnh thổ bằng thương lượng ngoại giao, từng bước giải quyết trên tinh thần hữu nghị, anh em [6][30]. Ngày 19 tháng 6 năm 2000, Quốc hội Việt Nam đã công bố nghị quyết về "Hiệp ước biên giới trên đất liền giữa Việt Nam và Trung Quốc" được thông qua tại kỳ họp thứ 7, Quốc hội khóa X họp từ ngày 9 tháng 5 năm đến ngày 9 tháng 6. Theo ông Lê Công Phụng, Trưởng đoàn đàm phán biên giới thì[6]:

Quan điểm của Việt Nam và Trung Quốc là dựa trên hai Công ước mà Pháp và Nhà Thanh đã ký kết với nhau. Sau khi sáp đường biên giới mà hai bên vẽ ra (Việt Nam vẽ đường biên giới của chúng ta, Trung Quốc đã vẽ đường biên giới của họ) và căn cứ theo bản đồ mà Pháp và Nhà Thanh đã ký kết với nhau thì chỉ chênh lệch có 227 km2. Trong suốt thời gian đàm phán từ năm 1994 đến 1999, hai bên chủ yếu tập trung để phân chia 227 km2 này. Đây có thể coi là vùng chồng lấn trên bộ vì ta đòi quá sang bên kia và Trung Quốc đòi quá sang bên này. Tổng cộng sự khác biệt là 227 km2. Kết quả đàm phán 227 km2 này là: 113 km2 thuộc Việt Nam và 114 km2 thuộc Trung Quốc. Vì vậy có thể nói việc phân chia cơ bản là giống nhau nên ý kiến cho rằng ta bán hoặc nhượng đất cho Trung Quốc là hoàn toàn phi lý...Đường biên giới trên bản đồ chỉ là một nét bút chì hoặc một nét mực nhưng khi ra thực địa, chỉnh to hoặc bé một chút là chênh nhau hàng chục mét, vì vậy việc phân giới một cách chính xác là việc làm hết sức khó khăn... Hai bên cùng phối hợp đi xác định điểm cắm mốc. Việc có mất đất hay không là phụ thuộc vào việc cắm mốc, chỉ cắm mốc chệch đi vài trăm mét là mất nhiều đất lắm. Chúng tôi đang phải tập huấn kỹ lưỡng cho cán bộ đi làm việc này."

Ông Trần Công Trục, nguyên trưởng ban Biên giới Chính phủ nói về quá trình đàm phán xác lập biên giới trên bộ giữa 2 nứoc[31]:

Việt Nam và Trung Quốc đều phải tôn trọng lẫn nhau, theo nguyên tắc công bằng, hợp lý, có tính đến một giải pháp tổng thể, có đi có lại, chiếu cố đến sự quan tâm chính đáng của mỗi bên, vì lợi ích dân cư.Ở khu vực cửa sông Bắc Luân, nơi mà công ước Pháp Thanh năm 1887 và 1895 không mô tả đầy đủ, rõ ràng, hai bên thống nhất đường biên đi từ điểm đầu phía Tây Bắc theo các đoạn thẳng đi đến điểm cuối phía Đông Nam của bãi Tục Lãm, sau đó cắt qua bãi Dậu Gót, rồi xuôi theo trung tuyến luồng chính tàu thuyền đi lại được đến giới điểm 62. Đường này được thể hiện trên Ảnh 4.Theo thỏa thuận thì ba phần tư bãi Tục Lãm và một phần ba bãi Dậu Gót quy thuộc Việt Nam. Còn một phần tư bãi Tục Lãm và hai phần ba bãi Dậu Gót quy thuộc Trung Quốc. Tại một số khu vực nhạy cảm khác, như khu vực Hoành Mô, Quảng Ninh, hai nước thống nhất đường biên giới đi giữa ngầm Hoành Mô theo thực tế quản lý mà không đi theo dòng chảy tại cống thoát nước.Đối với khu dân cư tại Hà Giang, Lạng Sơn và khu nghĩa trang có mồ mả của nhân dân thì hai bên dựa trên cơ sở giảm tối đa tác động đến khu dân cư về đời sống, sản xuất, tâm linh để nhất trí điều chỉnh đường biên giới đảm bảo cân bằng diện tích, giữ nguyên hiện trạng dân cư.Tại Lạng Sơn, phía Việt Nam đồng ý điều chỉnh để Trung Quốc giữ lại 13 nóc nhà, thuộc khu vực mốc 1103. Đổi lại, tại Cao Bằng, phía Trung Quốc đồng ý điều chỉnh để Việt Nam giữ nguyên trạng hầu hết đất canh tác và mồ mả của dân, khu vực mốc 830/1 đến mốc 835.Ở khu vực bản Ma Lỳ Sán của Việt Nam, gồm 5 hộ 35 khẩu thuộc tỉnh Hà Giang, mặc dù đường biên giới theo hoạch định cắt ngang qua bản này, nhưng theo đề nghị của Việt Nam, Trung Quốc đồng ý điều chỉnh để giữ nguyên bản này về phía Việt Nam, hoán đổi cho Trung Quốc khu vực khác có diện tích tương đương.Như vậy, không thể nói rằng Việt Nam đàm phán để mất đất cho Trung Quốc ở những nơi nếu căn cứ vào cơ sở pháp lý thì chưa hoàn toàn là đất của Việt Nam. Những khu vực có nhận thức khác nhau mà cả hai bên không thể bảo vệ được quan điểm của mình và không thể chứng minh được là đất của mình thì phải giải quyết theo những nguyên tắc mà hai bên có thể chấp nhận, phù hợp với các nguyên tắc của luật pháp và thực tiễn quốc tế.Kết quả giải quyết đường biên giới tại các khu vực nhạy cảm là hoàn toàn công bằng hợp lý, phù hợp với luật pháp và thực tiễn quốc tế, tuân thủ các nguyên tắc mà hai bên đã thỏa thuận